Tháng 7 năm 1940, Woodruff đảm nhận quyền chỉ huy Tiểu đoàn 2, Bộ binh 23, đơn vị mà ông từng phục vụ trong Thế chiến thứ nhất. Sau khi được thăng quân hàm đại tá tạm thời vào ngày 26 tháng 6 năm 1941, ông chỉ huy trung đoàn rồi đóng quân tại Fort Sam Houston, Texas. Ngày 15 tháng 1 năm 1942, ông được thăng cấp thiếu tướng.[9]

Woodruff sau đó trở thành trợ lý tư lệnh sư đoàn (ADC) của Sư đoàn 77 Bộ binh, một đơn vị của Lực lượng Dự bị động viên, được tái hoạt động vào ngày 25 tháng 3 năm 1942 và bao gồm gần như hoàn toàn là lính nghĩa vụ quân sự.[10] Ngày 22 tháng 6 năm 1942, ông được thăng cấp thiếu tướng,[9] ngay sau khi lên nắm quyền tư lệnh sư đoàn vào ngày 5 tháng 6,[10] trong quá trình huấn luyện trước khi triển khai ở Fort Jackson, South Carolina.[11] Ông được tặng thưởng Huân chương Sao Đồng.[9]

Ngày 22 tháng 5 năm 1943, Woodruff giao quyền chỉ huy Sư đoàn 77 cho Thiếu tướng Andrew D. Bruce và nắm quyền chỉ huy Quân đoàn VII, lúc đó đóng quân ở Anh. Bạn học cũ của ông là Dwight Eisenhower, hiện là tướng bốn sao và là Tư lệnh Quân đội Đồng Minh Tối cao ở châu Âu. Một người bạn cùng lớp khác, Trung tướng Omar Bradley, được bổ nhiệm làm tư lệnh Tập đoàn quân số 1 cho cuộc đổ bộ Normandy sắp tới của Đồng Minh, với Woodruff là một trong những tư lệnh quân đoàn, cùng với Thiếu tướng Leonard T. Gerow, tư lệnh Quân đoàn V, và Thiếu tướng Willis D. Crittenberger, tư lệnh Quân đoàn XIX.[12]

Tất cả đều được Eisenhower và Bradley biết rõ, nhưng họ lo ngại về việc có ba tư lệnh quân đoàn đều thiếu kinh nghiệm về hành quân đổ bộ hoặc chỉ huy chiến đấu trong Thế chiến thứ hai.[13] Gerow, người thân cận với Eisenhower và là học trò của Tướng George C. Marshall Jr., Tham mưu trưởng Lục quân Hoa Kỳ, được giữ lại, nhưng Crittenberger và Woodruff được hai tư lệnh sư đoàn giàu kinh nghiệm thay thế là Thiếu tướng Charles H. Corlett và Thiếu tướng J. Lawton Collins.[14]

Woodruff được điều động sang chỉ huy Quân đoàn XIX, cựu chỉ huy của Crittenberger, trong vài tuần, trước khi trở về Mỹ, và ông chuyển giao quyền chỉ huy cho Corlett.[15] Ông được trao tặng Huân chương Quân vụ Xuất sắc Lục quân.[9] Khi trở về Hoa Kỳ, Woodruff nắm quyền tư lệnh Sư đoàn 84 Bộ binh, sau đó huấn luyện tại Camp Claiborne, Louisiana, từ tháng 3 đến tháng 6 năm 1944.[16][9]

Cơ hội chỉ huy chiến đấu quy mô lớn của Woodruff cuối cùng đã đến khi ông được cử đến Khu vực Tây Nam Thái Bình Dương để chỉ huy Lực lượng Đồn trú 248 của Lục quân Mỹ đóng trên Leyte. Vào tháng 11, tư lệnh Tập đoàn quân số 6, Trung tướng Walter Krueger đột ngột trao quyền chỉ huy Sư đoàn 24 Bộ binh cho ông.[1][15] Tiệc chiêu đãi chào đón ông tại chiến trường được tổ chức tại trụ sở lính dù, với 5 gallon rượu ngư lôi do thủy thủ đoàn tàu tuần tra của Hải quân Mỹ cung cấp, làm nguyên liệu chính cho đồ uống giải khát dạng lỏng.[17]

Trớ trêu thay, Woodruff tỏ ra thành thạo trong các cuộc hành quân đổ bộ, thực hiện một loạt 25 cuộc đổ bộ lên Mindoro vào tháng 1 và tháng 2 năm 1945.[17] Ông đã lãnh đạo chỉ huy của mình trong trận Mindanao kéo dài 5 tháng để giải phóng hòn đảo đó thoát khỏi ách chiếm đóng của quân đội Nhật Bản. Trong suốt chiến dịch này, ông bị gãy nhiều xương sườn khi rơi vào hang nhện của lính Nhật. Dù rất đau đớn và không thể ngủ được trong hai tuần liền, ông ráng giấu vết thương vì sợ bị tuyên bố là không đủ sức khỏe và được cho về nhà lần nữa.[18] Nhờ vậy mà ông mới được trao tặng Huân chương Quân vụ Xuất sắc Lục quân với một chùm lá sồi, Huân chương Sao Bạc với hai chùm lá sồi, Huân chương Trái tim Tím và Huân chương Hàng không với một chùm lá sồi.[9]